Tak, @timestamp może być inny od oryginalnego, jeśli tego pola też nie obsłużymy w konfiguracji logstasha.
Z drugiej strony pole @timestamp nie jest niczym unikalnym ani tym bardziej wymaganym w kibanie. Te pole jest dodawane przez logstash w momencie, w którym odebrał dokument, ale to wszystko.
Jeśli wasze wyliczenia bazują na aspekcie czasu, to wówczas proponuję pobierać datę z innego miejsca, np. czas utworzenia wpisu przez źródło. Mając takie pole, utworzyć nowy index pattern w kibanie, który będzie tworzył oś czasu nie na bazie @timestamp, a właśnie na bazie tego nowego pola.
Jeśli chodzi o inne opcje:
Generalnie obsługa tego w logstashu jest zdecydowanie najlepszym rozwiązaniem. Jeśli chcemy obsłużyć to w kibanie to jest to trochę zamiatanie pod dywan, a nie rozwiązywanie problemu duplikacji dokumentów.
Niemniej jednak - w wizualizacjach w kibanie mamy dostępna metryke Unique Count, którą można wykorzystać do tego, by daną wartość zliczała jedynie raz i wtedy wyliczenia nie będą brały pod uwagę duplikatów.
Ostatecznie można pobawić się jeszcze ze scripted fields, ale to wymaga skryptowania i nie jest rekomendowane do użycia w produkcyjnych środowiskach. Jeśli już zabieramy się do kodu, to niech to będzie kod konfiguracji logstasha.